Budowa kanału żeglugowego przez Mierzeję Wiślaną to jedno, ale trzeba jeszcze przywrócić odpowiednie warunki żeglugowe na Zalewie Wiślanym i na rzece Elbląg, tak by jednostki morskie mogły bezpiecznie cumować w porcie. Dlatego też Urząd Morski w Gdyni realizuje jeszcze dwie inwestycje: 1. przebudowę istniejącego toru wodnego na rzece Elbląg w zakresie obudowy brzegów, które docelowo przejmą funkcje przeciwpowodziowe wałów ziemnych i budowy przystani niskich, ułatwiających dostęp do rzeki; budowę mostu obrotowego nad rzeką Elbląg w miejscowości Nowakowo, wraz ze zmianami układu drogowego (przetarg został ogłoszony); 2. budowę nowego toru wodnego na Zalewie Wiślanym (przetarg będzie ogłoszony w 2021).